Kolonoskopia to badanie endoskopowe okrężnicy (części jelita grubego). Do jego przeprowadzenia konieczne jest urządzenie zwane kolonoskopem – ma ono kształt cienkiego i elastycznego przewodu. W trakcie badania kolonoskop wprowadza się ostrożnie poprzez odbyt dalej przez odbytnicę do okrężnicy zstępującej okrężnicy poprzecznej oraz okrężnicy wstępującej.Przed zabiegiem chory dostaje lekarstwa uspokajające a także przeciwbólowe niekiedy niezbędne jest również znieczulenie ogólne (szczególnie u dzieci). Mimo wszystko w toku badania obserwowalne jest parcie na jelito a niekiedy również ból (należy o nim poinformować lekarza).Przez 24-48 godzin przed kolonoskopią pacjent jest na diecie lekkiej i dostaje doustne leki przeczyszczające (makrogole bądź fosforany). Krótko przed badaniem robi się wlew oczyszczający jelito grube (czyli tzw. lewatywę). Pacjentom ze sztucznymi zastawkami serca po przebytym zapaleniu wsierdzia z protezą naczyniową bądź ze znacznie zmniejszoną ilością krwinek białych bezpośrednio przed badaniem podaje się dożylnie antybiotyk.